从1998年起，考古学家对月亮金字塔下方进行发掘。探洞隧道进入金字塔内部后，发现月亮金字塔至少经历了6次扩建，其中每一次添加规模都越来越大，彻底覆盖之前的建筑。这一发现揭示了月亮金字塔在不同年代的建造阶段。1999年，考古学家在月亮金字塔内发现一座旨在纪念第五建造阶段的墓葬，它包含4具人骨架。
据估计，这座墓葬的年代在公元100～200年。月亮金字塔内另一座献祭给大女神的墓葬，于1998年被发现，它包含一具男性殉人骨架。目前仍在月亮金字塔下面继续进行发掘工作，或许不久就能回答有关特奥蒂瓦坎文明的诸多疑问。 对于特奥蒂瓦坎的太阳金字塔、月亮金字塔和埃及金字塔，正统学术圈外有不少玄妙而又看似有理的解读。例如，实现它们的精准排列和比例所需的知识，远远超出它们据信的建造者所具备的知识。其言下之意是：这些金字塔不像是古人所为，而应该是古代“超文明”或“外星人”的创造。
月亮金字塔内另一座献祭给大女神的墓葬，于1998年被发现
玄论者声称，特奥蒂瓦坎太阳金字塔各底边与埃及吉萨大金字塔的对应底边几乎完全平行。太阳金字塔的高度（60米）“几乎”是大金字塔（古代高度是146.5米，现在高度是138.8米）的一半。但也有些许差异——大金字塔的底边长度是太阳金字塔的1.03倍。
