犯罪现场被警方污染
在辩护中，辩方首先对洛杉矶警察局的取证规范进行了质疑：案发后，犯罪现场没能有效封闭，大批媒体到场，会不会破坏现场?一张照片显示，有一只未戴手套的手拿着装有被害人眼镜、血迹斑斑的信封，这样难道不会污染证据吗?最糟糕的是，警方取到的一个血迹样本，曾被放在塑料袋中，这样完全可能导致细菌滋生而干扰测试。
另外，洛杉矶验尸官属下的实习调查员安德里亚•马佐拉也遭到了辩方的质疑：当时她取证工作非常潦草，例如，有照片显示，她曾将手随意放在一个现场足印上休息，用镊子取地上的血迹时手也很脏，这些都可能导致证据被污染。
袜子和手套上的血迹
在本案中，辩护律师最大的挑战应属DNA证据本身，检方手中有多达45处的血迹样本，在3个实验室用不同方法分析后，都指向被告人辛普森，仅仅质疑取证不规范，并不足以否定其效力。
在法庭中，检方请来了多位DNA专家出庭作证，这些专家坚称，DNA比对的结果准确无误。但辩方律师却一一指出了他们的漏洞：例如，辩方认为Cellmark实验室曾在1988、1989年两次复核中被查出有检验错误;一位专家则承认自己曾在检测不同血样时忘记更换手套，甚至还曾把其中一个试管中的血液溅在手套上——律师立即指出，这完全可能导致血液样本之间交叉污染，得出错误的结论。
最戏剧性的莫过于对检方的王牌证据——血手套和袜子的质证了。应检方要求，辛普森当庭进行了试戴手套的模拟实验。结果全世界都通过电视看到了：辛普森怎么使劲也戴不进去。而对于那双袜子，辩方的专家证人，知名法证专家李昌钰博士则认为，由于袜子上并未沾上其他来自现场的物质，所以血渍很可能是事后伪造的。
在庭审中，辩方传召了当时在贝克中心给辛普森采血取证的男护士塔诺•帕瑞提斯，结合当时的采样单，询问他当时一共抽了辛普森多少血液?帕瑞提斯肯定的回答：“是8毫升”。而根据检方的记录推算，几次DNA检测所消耗掉的血液，加起来只有6.5毫升。辩方追问道，那么，还有1.5毫升血液，跑到哪去了呢?
