一位不愿透露姓名的专家告诉记者，由于南海及附近海域相当复杂，而菲律宾、印尼、越南等国又采取了与外国打捞者合作，或对外国打捞者开放的政策，缺少对海洋沉船打捞活动的有效管理，特别是在沉船发现后无力采取保护措施，一些国际海底探宝者借机将打捞范围延伸到了中国海域，再加上东南亚一些国家的海关对文物走私查禁不严，致使盗宝式的非法打捞在这一海域越来越猖獗。有些打捞者为获取宝藏，甚至采取水下爆破等极端手段，对沉船发现地和文物造成严重破坏。一些出于商业目的的打捞也因而卷入了争议之中，并遭致联合国教科文组织的批评。
联合国教科文组织去年曾对印度尼西亚拍卖一艘沉船的文物提出批评。这艘沉船是一家私人勘探公司在2004年从爪哇岛北部的井里汶附近水域打捞出来的，发现的文物表明这是一艘公元10世纪时的大型商船。从该船发掘出的物品中包括中国陶瓷、宗教器物、珠宝、金币和餐具等，具有极高的历史研究价值。2007年，教科文组织派专家组查看了这批文物的储存地，发现了不少问题，并就此向印尼政府提议应更妥善保护这批文物。教科文组织还建议印尼政府不要拍卖，而将这些文物陈列到博物馆中，因为“有着如此历史和考古价值的文物流散，无法服务于科学界和公众，的确令人惋惜。古迹被挖掘之后，文物一旦流失，就根本不可能再回归”。此次拍卖最后以流拍告终。
