除了体积的问题，国际上有不少专家认为Y染色体自身很脆弱，基因变异风险高，而且在变异之后很难修复。因为除Y染色体外，其他染色体包括X染色体，都是成对存在的。成对存在的两条染色体互为“备份”，能清除危害自身基因的变异。细胞在减数分裂时，如果其中一个出现缺陷，就能通过与“备份”的对照很快纠正错误并进行修补。但“脆弱”的Y染色体却不能与“同伴”X染色体进行对照修错。于是有研究者认为，封闭保守的结果就是自取灭亡。
除了詹妮·格雷夫斯，持这种忧虑的还有美国宾夕法尼亚州立大学的两位科学家卡特雷纳·玛克瓦和梅利莎·威尔逊。他们在性染色体进化变异机制的研究中发现，Y染色体比X染色体的演化速率快得多，这将导致Y染色体上的基因急剧丢失，如果这样发展下去，Y染色体将会完全消失，人类的传宗接代将受威胁。
英国牛津大学人类遗传学教授布赖恩·塞克斯博士更是对Y染色体缺乏信心的著名代表人物。他估计，在大概5000代，也就是12.5万年后，男人的生殖能力将大约只有现在的1％。现在已经知道，Y染色体的突变会降低男性的生殖能力。男性的生殖能力一直以来正在缓慢地下降，这已经成为事实。最终，男人将不再具有自然生育能力。他相信有一天人类将能够通过两个卵子的结合来生殖。这不是科幻小说，日本的研究者已经能用两个卵细胞繁殖出了一只外表正常的老鼠。
反对者：男性会灭绝？言之尚早
对于Y染色体的危机，也有不少专家认为男性不必惊慌。
英国伦敦国立医学研究所的性染色体专家罗宾·洛维尔·巴杰教授称，Y染色体至少在2500万年内没丢失过任何基因。他认为男性灭绝论是毫无意义的。
