怀海德生物医学研究所的研究人员在比较了人和大猩猩Y染色体上所独有的基因后发现，黑猩猩的染色体中有5个基因已经退化，而人类染色体中没有这种现象。他们认为，在人和黑猩猩走上各自进化道路的这600万年中，即使人类Y染色体有基因流失也是极少一部分。因此，对于Y染色体将在500万年或者1000万年后消失的说法可以不予理会。
有研究者对Y染色体进行深入研究后反而认为，Y染色体没有看上去那么脆弱，它的自我保护能力被低估了。
《美国国家科学院院刊》刊登了一项新研究，科学家用母鸡W染色体这一特定例子，研究性染色体上的基因是如何世代遗传的以及它们和生育力的关系等。结果表明，这些染色体在过去数百万年里确实收缩了不少，失去许多原始基因，但剩余染色体在预测生育力上依然扮演着极其重要的角色。该研究报告作者、伦敦大学学院遗传学教授朱迪斯·曼科表示：“Y染色体不会消失，不会像有些科学家以前认为的那样成为遗传荒地。”母鸡W染色体类似于男人Y染色体，因为它们都是性染色体，雄性和雌性繁殖时不会重组，但这个基因组的其他部分会重新组合。重组使连锁基因从染色体上分离出来，而连锁基因使选择更有效，有助摆脱缺损突变。
曼科表示：“我们的研究结果表明，男人Y染色体和母鸡W染色体对生育力至关重要。这是W连锁基因进化而来的能力，是它们生存下来的关键。研究表明，Y染色体和W染色体不会消失，会存在很长时间。”
专家视点：Y染色体越来越短小 或只是进化得更精悍
中山大学第一附属医院泌尿外科邓春华教授和高勇博士在接受本报采访时表示，染色体曾被认为缺乏重要的功能基因。直到睾丸决定因子SRY基因的发现，Y染色体的研究才重新受到重视。在胚胎的性分化过程中，SRY基因刺激原始性腺向睾丸方向发育，然后这个最初的睾丸就开始分泌雄激素，主要是睾酮，刺激男性胚胎整个向男性化的方向发展。2003年，对Y染色体的成功测序揭开了Y染色体的真实结构和Y染色体微缺失的分子基础。对Y染色体上基因的研究正在逐步深入，过去Y染色体上一些被视为无用的“垃圾基因”，也许在未来，我们能发现它们的真正作用。
