钱学森以辩证唯物主义为指导，从系统观与系统学的理论与方法出发，总结了哲学、特别是生物科学认识史上的方法论，提出极为重要的思想，他认为，研究人体科学必须在方法论上有重大的变革和发展，理由很明显，因为“人这么一个复杂的系统，再加上人和环境的关系就变成一个超巨系统了。在现代科学技术基础上发展起来的系统论、系统科学是唯物辩证法的丰富与发展，它的原则“是整体论和还原论的辩证统一” ，因为不讲整体不行，只讲整体也不行；不研究局部不行，只研究局部也不行。
据此，在如何对待中、西医的问题上，钱学森认为：中国传统医学与西方医学不是互相排斥的，而是互相补充的，各有所长，各有所短，要各取所长，而不是做加法，是综合。
钱学森根据现代科学技术的发展，提出了十分重要的、有指导意义的思想，他说：
1中医的优点，它的突出贡献，就在于它从一开始就从整体出发、从系统出发。但是，应该看到两千多年前形成的中国医学，虽然从整体、从总的联系来考察人的生命运动之道，但还缺乏深入的、细致的、具体的分析。
2中、西医学的方法是互补的，从辩证法的观点看来，“还原论是不行的，但是不要还原论去考虑整体也不行；西方的东西，大概还原论的观点是比较多的，而中国古代的东西整体观是比较多的。任何一个方面都有片面性，一定要综合，用辩证法。”但是，我们在吸取西医学的成果时，必须坚持中医的特色、发扬中医的优势。
因此，无论中医和西医，都应该坚持科学发展观、坚持科学的认识论、方法论，从而取得大同，而不是站在各自的基点上看问题；作为西医，应该在微观研究的基础上，进一步融入整体思维的观念；而作为中医，中医的发展也并不意味着西化，中医除了吸收西医的一些所长外，在阴阳五行学说的基础上，也应该融入现代自然科学的理念，这样，就会有大的发展。
