严禁微生物搭便车
保护程序的确定取决于两个因素：太空任务的类型(飞越、轨道盘旋、登陆或漫游)和目标星体存在生命的可能性。太空任务分为5大类，“返回地球”被归为V类。一旦任务被明确，美国宇航局将多管齐下减少太空飞船上的微生物。所有的程序操作都是在无尘环境中进行，利用专门的气流系统过滤掉污染物。
在清洁之前，科学家利用抽样调查来测定出飞船上的孢子数量。用消毒棉签对太空飞船上的指定区域进行微生物样本采集，将收集到的样本放在孢子培植区进行孵化，同时使用复杂的运算方法计算出总体污染程度。
目前，美国宇航局进行太空灭菌的方法叫做“干热杀菌法”，在对飞船进行清洁后，使用一个烤箱加热至112摄氏度对其进行30个小时的烘烤。这种方法曾用于上世纪70年代“海盗号”火星探测器的灭菌处理并沿用至今。康利表示，清洁程序可将飞船的孢子含量从最初的每平方米300个降至每平方米0.03个。由于0.03只是统计学上的数字，而不是一个整体的孢子，因此飞船被认为处于安全状态，不会遭受微生物污染。
