科学家们已经证明，很难发现自我中的主导感（其为我们的行为负责）的位置。在科学家们进行的一个功能核磁扫描（MRI）研究中，手持操作杆的志愿者们在一个计算机屏幕前移动图片。当志愿者们感到他们已经开始行动时，大脑的前岛被激活，但当志愿者将行动归因于经验时，顶叶右下部皮层开始发亮。其他研究人员也借用不同的实验，找出了更多似乎可以为主导感负责的脑部区域。
在大脑内部，自我似乎既无处不在又无迹可寻。德国美茵茨约翰内斯古滕贝格大学的认知哲学家托马斯·梅岑格表示：“如果你列出‘自我需要什么’，大脑中可能没有一个区域能够脱离干系。”这表示自我只是一个幻象。我们被自己的大脑愚弄，相信我们是真实存在而且没有改变的。
精神紊乱也使这一点非常清晰，那就是，我们认为大脑未被“侵犯”，但实际上却并非如此。例如，罹患精神分裂症的患者会有一些妄想，他们认为，某人或某事正在将一些经验和想法移植入他们的大脑内。英国萨塞克斯大学的亚尼·塞特表示：“在某种情况下，这是自我发生了混乱，因为这些人正在做事情，但他们没有感到自己正在做这些事情。那是主导感发生了紊乱。”
另一个令人震惊的情况是自我感丧失症患者，这些人会持续感到他们的身体完全不受自己控制。
